Amber是著名的分子动力学软件,用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟。Amber也指一种经验力场(empirical force fields)。 力场和代码是分开的, 一些软件中包含amber力场, 而其他的力场也包含在此amber的软件中。

 

  AMBER提供两部分内容:用于模拟生物分子的一组分子力学力场(无版权限制,也用于其它一些模拟程序中);分子模拟程序软件包,包含源代码和演示(有版权限制,需要购买)。[1]

AMBER主要程序

  Leap:用于准备分子系统坐标和参数文件,有两个程序:

 

  xleap:X-windows版本的leap,带GUI图形界面

 

  tleap:文本界面的Leap

 

  Antechamber:用于生成少见小分子力学参数文件的。有的时候一些小分子Leap程序不认识,需要加载其力学参数,这些力学参数文件就要antechamber生成

 

  Sander:MD数据产生程序,即MD模拟程序,被称做AMBER的大脑程序。

 

  Ptraj:MD模拟轨迹分析程序。