伴随着高性能计算的发展,硬件在计算能力和功耗上的矛盾越来越突出,作为试图缓解这一问题的协处理和众核技术的代表,GPU在最近几年逐渐风靡全球。而分子动力学计算作为高性能计算的主要应用领域之一,一直备受人们的关注,GROMACS正是分子动力学软件的主流代表之一。本文首先对GROMACS软件的GPU版本作业一些介绍,尤其是其与原CPU版本的区别做了一些解释。之后就利用了NVIDIA公司C2050型号GPU设备和上海超级计算中心“魔方”超级计算平台,就一些典型的分子动力学体系分别在GPU和CPU上进行了GROMACS软件的测试和比较,并对计算性能的区别进行了讨论。